<1>ファミリ側で作成したサブカテゴリは、プロジェクト側で削除することはできますか

プロジェクト側の[オブジェクトスタイル]から削除することは可能です。ただし、ファミリデータを直接編集・上書きしている訳ではないので、ファミリの元データにはサブカテゴリが残ったままになります。